Seguendo il percorso absidale si accede direttamente al corridoio rettilineo che conduce alla fenestella confessionis, attraverso la quale i fedeli venivano a contatto con le reliquie di S.Crisogono (una mano e la calotta cranica); qui, sulla parete sinistra, si conservano ancora le pitture dell’VIII secolo che raffigurano i tre santi Crisogono, Rufino ed Anastasia. 

Sempre dell’VIII secolo sono gli affreschi, voluti da papa Gregorio III, conservati lungo la parete superiore dell’abside, con decorazione a dischi e losanghe intrecciati, che richiamano la decorazione a finto marmo. L’aula dell’antica basilica paleocristiana, a navata unica, era a pianta rettangolare di circa metri 35 x 19: la presenza del possente muro parallelo alla parete settentrionale non deve trarre in inganno ritenendolo una suddivisione della navata in quanto altro non è che il muro di fondazione della chiesa superiore.