Nel V secolo il titulus Crysogoni assunse un impianto basilicale, a navata unica, alla quale furono aggiunti l’avancorpo del nartece ad est e, mediante un prolungamento delle murature, la zona presbiterale ed il catino absidale ad ovest. La chiesa originaria, ad un livello di 6 metri più basso dell’attuale, fu rinvenuta nel 1907 durante una campagna di scavi per conto del Ministero delle Belle Arti ed è tuttora ben visibile nei sotterranei, ai quali si accede dalla sagrestia, mediante una scala moderna che immette direttamente nella zona absidale. Dall’alto (nella foto 1) è immediatamente evidente il corpo semicircolare dell’abside, mentre solo scendendo è possibile rendersi conto che la stessa è affiancata da due ambienti “di servizio”, (che richiamano per posizione i cosiddetti pastofori orientali), il secretarium a nord ed il battistero a sud (nella mappa l’abside al punto 1, il secretarium al punto 2 ed il battistero al punto 3).