Il secretarium, di forma quadrata, probabilmente era utilizzato per riporre vesti sacre, documenti ed arredi liturgici, ed aveva un pavimento, tuttora visibile, in tessere marmoree con disegno floreale; in seguito il vano venne utilizzato come luogo di sepoltura, come testimonia il bel sarcofago marmoreo con motivi marini del II secolo oggi posto dinanzi all’ingresso.